På en pressträff efter mötet sade Niinistö att han frågat Merkel hur EU skulle reagera på en militär kränkning.
– Hon gav ett bra svar på min grundfråga, om fredsunionen kan stå vid sidan om och följa med om dess territorium kränks på en plats som inte råkar vara medlem i Nato.
Niinistö säger att de diskuterade en längre tid om hurdana möjligheter det finns för att öka säkerheten i Europa. Det handlar inte bara om Ryssland, utan också om hur oron i norra Afrika och Mellanöstern påverkar Europa.
Men diskussionen gick inte in på konkreta frågor, såsom om Tyskland skulle ingripa och försvara Finland i en krissituation. Merkel och Niinistö diskuterade i ungefär en halv timme i presidentens tjänstebostad.
Fortfarande instabilt i Ukraina
Niinistö säger att han och Merkel gjorde bedömningen om att situationen i Ukraina fortfarande är mycket instabil.
– Minskavtalet och vapenvilan har i stort sett fungerat. Läget är fortfarande instabilt och kan lätt störas.
Finland väntas inte axla rollen som fredsmäklare, sade Niinistö.
Presidenten betonade att man förutom krisen i Ukraina måste se på situationen ur ett större perspektiv där utvecklingen gått mot en situation som påminner om det kalla kriget.
– Om vi där har någon möjlighet att påverka så gör vi naturligtvis vårt yttersta och vi kom nog överens om att stå i kontakt även framöver.
Merkel ska besöka Ryssland i maj, en dag efter segerdagsfirandet. Niinistö bedömer att Merkel på så vis vill hålla uppe kontakten till Ryssland.
– Jag tror att hennes resa reflekterar det här tänket. Hon vill inte att relationerna ska brytas.